京都大学的著名学科主要有： 人文科学： 法学（法律科学）、政治学、哲学、神学界、文学、史学、地理学、心理学等； 社会科学： 经济学、经营学、商业信息学，国际关系学、社会安全论、非营利机构领导学、国际教养（本科阶段，以下和早稻田大学共同设置）等； 理学： 数理学、物理科学、化学·生物科学、地球行星科学、应用地球行星科学、数理生命学科等； 工学： 建筑·土木环境工学院、情报通讯理工学部、先进理工学部、海洋科学等； 高分子材料、计算机、电子电气、机械等；
医学： 医学部、生命科学学院。 除以上四个校区的著名学科外，还有很多其他的不为人知的冷门或者新兴学科。比如： 人类进化与认知科学、纳米工学科、量子物理学、全球变化与环境治理研究、多文化教育、语言信息处理等等。
商柔优优质答主1916年（大正5年），天文学家水谷辰之助和铃木俊雄，与大阪府立天文台协力，发现了周期天体1916VI彗星。铃木俊雄后来成为东京大学教授，在1926年和1927年发现了3颗彗星，命名为铃木彗星。1927年，野原政弘开发了用照相日冕仪观察日冕的技术，开始了以京都为中心的日冕构造的研究。1933年，上田良吉教授开始研究量子力学在原子核上的应用。此后相继培养了早川英实教授，柴田弥一郎教授等，成为了日本的原核理论研究中心。1939年京都大学的野口升助教授和横田喜三郎教授在《物理数学杂志》上发表了有关原子碰撞的研究论文，在量子物理学界引发了巨大的反响。被称为日本量子理论的发源地。
1984年，京都大学的山下俊一、藤井英二、西田昌纪、小山启司、佐藤一昭发现由钕（ Nd:YVO4）结晶产生的全固体激光。此后在1991年由福泽昭二教授和工学院教授的原田荣治等进一步发展成为高输出性能。这个钕结晶成为单个激光能量最大，最高速度的激光源，被用在世界上数台PET加速器上，作为电子注入光源投入使用。例如筑波加速器设施的PF加速器，位于美国加速性核子物理实验室的SLAC直线加速器。由于在世界加速器群中的实际应用上的成功，1996年国际核子与高能物理研究促进委员会的国际高能加速器评审会把这一发现评为近10年日本高能物理领域中，除了B介子研究以外的唯一重要的科研成果。
1978年，田中耕一所著的《资本主义与二十一世纪》出版，1984年成为京都大学经济学院教授。书中的观点以新的资本论代替原有的唯物史观，一反马克思主义的传统发展论。此书被称为新著资本论，成为了日本经济发展的指路明灯。1985年，京都大学原子核科学研究所研究小组发现超铀元素113。2002年12月15日，日本原子能研究开发机构宣布以京都大学为中心的小组在2002年5月至8月间在RIビームファクトリー的回旋加速器J=_PARC(重粒子直线加速器)上进行第111号元素的实验。小组向一个铋原子加速64个钕原子核，与原子核内的一对中子反应形成新原子。原子核内的中子会随着原子核的大型化逐渐变得不稳定，111号元素的原子极容易排出α粒子(2个质子与2个中子复合而成)，新的原子核变为109号核。重复多次后，109号重原子核会分裂，通过精密分析分裂时放射的能量，判断最初形成的新元素的原子质量。小组推断产生出的新元素原子质量为272。由于新元素具有极强的放射性，新的111号元素的形成与分裂只进行了几次。小组经过精密分析和确认后，证实形成了一种新的化学元素。这是在日本国内第一次合成出新的化学元素。此前新元素的合成由美国和前苏联垄断，这是由亚洲国家独立合成新元素的第一个事例。
